209 lines
20 KiB
Plaintext
209 lines
20 KiB
Plaintext
|
||
Digital Imaging and Communications in Medicine
|
||
— стандарт хранения и передачи медицинских
|
||
изображений
|
||
DXA / ДРА Двухэнергетическая рентгеновская
|
||
абсорбциометрия (денситометрия)
|
||
ИИ Искусственный интеллект
|
||
ROI Region of Interest — область интереса,
|
||
используемая для измерений
|
||
MVP Минимально жизнеспособный продукт
|
||
AUC Площадь под ROC-кривой
|
||
1. Контекст и актуальность задачи
|
||
Денситометрия является основным инструментальным методом количественной оценки
|
||
минеральной плотности костной ткани и широко применяется для диагностики остеопороза,
|
||
оценки риска переломов и динамического наблюдения пациентов. Достоверность результата
|
||
зависит не только от работы оборудования, но и от правильности укладки пациента, выбора
|
||
исследуемой области, отсутствия значимых артефактов и корректности разметки анатомических
|
||
структур.
|
||
Ошибки позиционирования и разметки могут приводить к искажению измеряемых
|
||
показателей, ошибочной интерпретации динамики и необходимости повторного анализа или
|
||
повторного исследования. При этом контроль качества обычно выполняется специалистом
|
||
вручную и требует знания критериев корректности для разных анатомических областей.
|
||
Применение алгоритмов компьютерного зрения позволяет объективизировать
|
||
и стандартизировать контроль качества, автоматически выявлять типовые нарушения
|
||
и своевременно сообщать специалисту о необходимости коррекции разметки или повторной
|
||
обработки исследования. Такое решение потенциально снижает нагрузку на врача-
|
||
рентгенолога и рентгенолаборанта, повышает воспроизводимость измерений и формирует
|
||
единый подход к контролю качества денситометрии в медицинских организациях.
|
||
Участникам предлагается создать интеллектуальный сервис, который не просто распознаёт
|
||
изображение, а выступает цифровым помощником по контролю качества: проверяет, можно ли
|
||
использовать исследование для клинической интерпретации, оценивает корректность
|
||
нанесённых областей измерения и объясняет, какое именно нарушение обнаружено.
|
||
|
||
2. Описание задачи
|
||
Разработать программное обеспечение на основе искусственного интеллекта для
|
||
автоматизированной оценки качества рентгеновских денситометрических исследований и
|
||
корректности разметки анатомических структур.
|
||
На вход сервис получает денситометрическое исследование в формате DICOM. Решение
|
||
должно определить, соответствует ли изображение установленным критериям качества,
|
||
корректно ли выполнена разметка, а при наличии нарушения — определить его тип. Основная
|
||
задача — обеспечить автоматизированный контроль качества без необходимости первичного
|
||
ручного просмотра каждого исследования специалистом.
|
||
2.1. Объекты анализа
|
||
В базовый контур задачи рекомендуется включить денситометрические исследования
|
||
следующих анатомических областей:
|
||
• поясничный отдел позвоночника;
|
||
• проксимальный отдел бедренной кости.
|
||
Допускается разработка единой модели для всех областей либо отдельных
|
||
специализированных моделей с автоматическим определением области исследования.
|
||
2.2. Основной функционал
|
||
• определение анатомической области и проекции исследования;
|
||
• классификация исследования как качественного или содержащего нарушение качества;
|
||
• оценка корректности укладки и позиционирования пациента по стандартным критериям;
|
||
• оценка корректности разметки анатомических структур и областей измерения;
|
||
• определение одного или нескольких типов нарушения качества;
|
||
• формирование структурированного отчёта с результатами работы.
|
||
2.3. Перечень оцениваемых нарушений
|
||
От решения требуется рассматривать следующие категории:
|
||
1. Поясничный отдел позвоночника
|
||
• корректная укладка (на нижнем уровне сканирования визуализированы верхние края
|
||
подвздошных костей, верхний уровень — половина тела позвонка Th12)
|
||
|
||
2.4. Входные данные
|
||
• Исследования в формате DICOM без разметки.
|
||
• Одно исследование может включать одно или несколько изображений/серий
|
||
(не более 3).
|
||
• Метаданные DICOM могут использоваться моделью, однако решение не должно зависеть
|
||
от наличия персональных данных.
|
||
• Организатор предоставляет обезличенные изображения и часть исследований
|
||
с экспертной разметкой.
|
||
3 см
|
||
и более
|
||
2 см
|
||
и более
|
||
3 см
|
||
|
||
2.5. Требования к выходным данным
|
||
Решение должно формировать итоговый файл в формате .xlsx или .csv. Одна строка
|
||
соответствует одному изображению (одна анатомическая область) в исследовании.
|
||
Рекомендуемая структура:
|
||
Название колонки Описание Формат
|
||
path_to_study Путь к исследованию или файлу String
|
||
study_uid Идентификатор исследования из
|
||
DICOM-тегов String
|
||
image_uid Идентификатор изображения из
|
||
DICOM-тегов String
|
||
anatomical_region Определённая анатомическая область String
|
||
quality_class 0 — качественное, 1 — есть нарушение Integer
|
||
violation_type Тип или перечень нарушений String
|
||
processing_status Success / Failure String
|
||
time_of_processing Время обработки в секундах Float
|
||
2.6. Дополнительный функционал
|
||
• Дополнительная серия с визуализацией обнаруженного нарушения на изображении:
|
||
маска, контур, ключевые точки или тепловая карта.
|
||
• Текстовое описание выявленных нарушений в формате DICOM SR.
|
||
• Автоматическая коррекция разметки с возможностью подтверждения специалистом.
|
||
• Интерактивный веб-интерфейс для загрузки, просмотра и пакетной обработки
|
||
исследований.
|
||
2.7. Технические требования
|
||
• Время обработки одного исследования: не более 3 минут на целевой конфигурации.
|
||
• Отсутствие необработанных исключений; все ошибки фиксируются в отчёте.
|
||
• Воспроизводимость результатов при повторном запуске на одинаковых данных.
|
||
• Возможность пакетной обработки исследований из архива с предоставлением общей
|
||
таблицы (xlsx/csv) в качестве результата обработки, а также zip-архива с дополнительными
|
||
сериями (при наличии функционала)
|
||
|
||
3. Программно-аппаратные требования
|
||
3.1. Аппаратные требования
|
||
Специальные аппаратные ограничения не предъявляются при условии выполнения
|
||
функциональных и нефункциональных требований. Участник должен указать минимальную
|
||
и рекомендуемую конфигурацию для инференса: объём оперативной памяти, требования
|
||
к процессору и графическому ускорителю, объём дискового пространства.
|
||
Конфигурация оборудования, на котором будет проводиться финальное тестирование:
|
||
2 × H200 141 GB, каждая H200 в своей виртуальной машине c флейвором GPU-44-256-H200-1
|
||
(44 CPU, 256 RAM, 141 VRAM).
|
||
3.2. Программные требования
|
||
• Выбор языка программирования, библиотек машинного обучения и архитектуры решения
|
||
остаётся на усмотрение участников.
|
||
• Обязательна контейнеризация решения.
|
||
• Участники должны предоставить скрипт для сборки и запуска контейнеризированного
|
||
приложения в Linux и UNIX-подобных системах.
|
||
• Решение должно запускаться локально без обращения к внешним закрытым сервисам
|
||
и без передачи медицинских изображений во внешние системы.
|
||
• Должен быть реализован API для пакетной обработки тестового набора данных.
|
||
• Все используемые зависимости, включая версии библиотек, сред выполнения и базового
|
||
контейнера, должны быть зафиксированы.
|
||
4. Требования к презентации/демонстрации
|
||
Презентация должна показать не только итоговые метрики, но и логику клинического
|
||
контроля качества. Команде необходимо продемонстрировать:
|
||
• описание и обоснование выбранного подхода;
|
||
• архитектуру модели и программного решения;
|
||
• состав наборов данных, правила разбиения выборки и методы предобработки;
|
||
• таксономию нарушений качества и подход к исследованиям с несколькими нарушениями;
|
||
• результаты экспериментов, сравнение вариантов модели и анализ ошибок;
|
||
• метрики качества с доверительными интервалами;
|
||
• скорость обработки и системные требования;
|
||
• ограничения решения и сценарий дальнейшего внедрения;
|
||
• кейсы, демонстрирующие работу решения.
|
||
|
||
|
||
• описание структуры проекта;
|
||
• системные требования и перечень зависимостей;
|
||
• инструкцию по сборке и запуску контейнеризированного приложения;
|
||
• описание реализованного API;
|
||
• описание формата входных и выходных данных;
|
||
• описание модели, предобработки и постобработки;
|
||
• перечень известных ошибок и способы их обработки.
|
||
Дополнительно предоставляются руководство пользователя, руководство
|
||
по развёртыванию и краткое описание процедуры обучения или дообучения модели.
|
||
6. Ресурсы
|
||
• Обезличенные медицинские изображения денситометрии в формате DICOM
|
||
с экспертной оценкой качества (НД_для_обучения.zip).
|
||
• Описание критериев качества и примеры корректной разметки — можно детальнее
|
||
изучить в методических рекомендациях в разделах 2.6, 2.7.
|
||
• Фрагмент данных для проверки формата и отладки загрузчика (Для теста.zip).
|
||
• Закрытый тестовый набор для финальной оценки, не передаваемый участникам.
|
||
7. Требования к сдаче решений
|
||
7.1. Требования для промежуточной сдачи решения
|
||
Промежуточная сдача предусматривает предоставление MVP, включающего:
|
||
• обученную модель и скрипт инференса;
|
||
• модуль чтения DICOM и пакетной обработки;
|
||
• определение как минимум бинарного класса «качественное / есть нарушение»;
|
||
• оценку корректности разметки для как минимум одной анатомической области;
|
||
• файл с результатами в согласованном формате;
|
||
• расчёт основных метрик на валидационной выборке;
|
||
• краткая инструкция по работе с моделью;
|
||
• описание текущих ограничений и план доработки
|
||
|
||
|
||
• поддержку всех обязательных анатомических областей и классов нарушений,
|
||
утверждённых организатором;
|
||
• скрипт для сборки и запуска контейнеризированного приложения; инструкция
|
||
по запуску скрипта в Linux и Unix-подобных системах;
|
||
• устойчивую пакетную обработку закрытого тестового набора;
|
||
• структурированный файл результатов;
|
||
• полный комплект документации;
|
||
• презентацию и демонстрационный сценарий;
|
||
• исходный код либо иной комплект материалов в объёме, установленном правилами
|
||
конкурса.
|
||
Финальная проверка проводится экспертами на закрытых данных без участия команды.
|
||
Расчёт итоговых метрик выполняется на стороне организатора.
|
||
8. Критерии оценки
|
||
8.1. Подход коллектива к решению задачи
|
||
Оцениваются понимание клинической задачи, обоснованность таксономии нарушений,
|
||
подход к формированию обучающей выборки, работа с дисбалансом классов и предотвращение
|
||
утечки данных между обучающей и тестовой выборками.
|
||
8.2. Техническая проработка решения
|
||
Оцениваются архитектура модели, качество предобработки DICOM, корректность работы с
|
||
изображениями, устойчивость программной реализации, обработка ошибок, контейнеризация,
|
||
воспроизводимость работы.
|
||
8.3. Соответствие решения поставленной задаче
|
||
Оцениваются полнота выполнения обязательных функций, соответствие форматов входных
|
||
и выходных данных, поддержка заявленных анатомических областей, прозрачность ограничений
|
||
и пригодность решения для локального использования
|
||
|
||
|
||
• сбалансированная точность и F1-мера;
|
||
• ROC AUC и/или PR AUC для бинарной классификации;
|
||
• macro-F1 для многоклассового или мультилейбл-определения типов нарушений;
|
||
• метрики локализации или сегментации — Dice, IoU, расстояние между ключевыми точками
|
||
— при наличии соответствующего функционала;
|
||
• время обработки одного исследования и доля успешно обработанных файлов.
|
||
Приоритетной клинической характеристикой являются F1-мера и ROC-AUC,
|
||
как сбалансированные метрики работы решения. Метрики диагностической точности
|
||
желательно представлять с 95% доверительными интервалами.
|
||
8.5. Выступление коллектива на питч-сессии
|
||
Оцениваются владение материалом, способность объяснить клиническую и техническую
|
||
логику решения, качество демонстрации, аргументированность выбранных подходов, понимание
|
||
ограничений и реалистичность плана пилотирования и внедрения |